Lediglich Code, der mit Apples API zusammenarbeitet, lässt sich laden und ausführen. Anwendungen dürfen keine Erweiterungen installieren oder andere ausführbare Dateien aufrufen. Laut Mozilla-Entwickler Rob Sayre heiße das, dass Anwendungen wie Firefox, Opera oder auch Excel nicht auf dem iPhone und iPod touch laufen werden, da diese Programme eigene Script-Sprachen verwenden. Sogar Suns Java könnte von dieser Einschränkung betroffen sein, denn die virtuelle Maschine interpretiert und ruft Anwendungen auf.
Es kann aber davon ausgegangen werden, dass Apple sich mit Industriegrößen wie Sun und Microsoft etwa verständigen wird und ihnen besondere Rechte einräumt. Problematisch wird es eher für kleinere Software-Entwickler, die darauf angewisen sind, dass Dienste im Hintergrund laufen, was beispielsweise bei Internet-Telefonie-, GPS- und Nachrichtendienst-Anwendungen der Fall wäre.
