„It's not a bug, its a feature“ lautet das berühmte geflügelte Wort. Der iPod nano, ebenso wie der iPod video, scheinen bei der Bedienung gewisse Unterschiede zu ihren Vorläufern aufzuweisen. So lässt sich zum Beispiel die Hintergrundbeleuchtung des iPod mini mit einem langen Klick auf den Befehl Menü auf dem Clickwheel ein- und ausschalten, und zwar auch dann, wenn diese in den Einstellungen des iPod deaktiviert ist. Beim iPod nano scheint dieser Trick nun nicht mehr zu funktionieren. Der neue iPod video besitzt dieses neue „Feature" ebenso.
Ein weiterer Bug des iPod nano mit der Firmware 1.0 ist mittlerweile wohl behoben. Hier ließ sich, während das Cover angezeigt wurde, die Lautstärke nicht verändern. Dies ist mit der neuen Firmware 1.1 wieder möglich.