Neu in Version 1.3 sind zum einen der magische Radiergummi sowei auch die ein- und ausblendbaren Paletten. Ebenfalls kann nun erheblich mehr mit Farben gespielt werden. Dabei nutzt Pixelmator die volle Kraft von Mac OS X aus und setzt auf Core Image, Open GL sowie Automator und schont dadurch CPU-Kapazitäten. Ebenfalls werden Color Sync, Spotlight und Quicklook unterstützt.
