Neu in Funktion 4 sind unter anderem die Möglichkeit zum Import von Microsoft-Word-Dokumenten und insgesamt eine verbesserte Datei-Kompatibilität. Weiterhin wurde, wie so oft, die Benutzeroberfläche verbessert, inklusive neuer Seitenleiste mit Minibildern und zusätzlichen Markierungsmöglichkeiten.
Anwendern, die PDFpen oder PDFpen Pro mach dem 01.06.2008 gekauft haben, erhalten das Update auf Version 4 kostenlos. Alle anderen können die Box-Version für 44,99 bei ASH oder die Downloadvariante für 40 Euro erwerben. PDFpen setzt mindestens Mac OS X 10.4 voraus. Empfohlen wird weiterhin ein mindestens 1,8 GHz schneller Rechner.