Moin,
im Prinzip wenn die Mediatheken in Time Machine gesichert sind kannst du die auch wiederherstellen. Aber es kommt einwenig drauf an wie du die betreffenden Programme eingestellt hast. Bei iTunes kannst du einstellen das die Dateien die du zu iTunes hinzufügst an ihrem Ursprungsort bleiben, wenn du das machst hast du beim wiederherstellen je nachdem wo sie lagen diese natürlich nicht. Um das zu vermeiden sollte der Befehl Dateien zusammenlegen in iTunes unter Ablage

Mediathek genutzt werden.
Bei FCPX sieht es ähnlich aus da man da aber gleichzeitig mehrere Mediatheken haben kannst muss du es da bei jeder einzelne überprüfen und im Zweifel auch zusammenlegen.
Solltest du jedoch Final Cut 7 meinen musst du die einzelnen Ordner mit sicheren, falls du also FCP 7 meinst sag bescheid und ich sage dir welche Ordner das im normal Fall seinen müssten.
gruss
sedl